Шовный герметик применяют не для обработки сварных швов, как бы странно это не свучало. (да их собственно и нет в кузове, все на точках). Им замазывают места соединения кузовных деталей, чтобы между соединенными деталями не попадала влага и не начиналась коррозия, поэтому он и зовется герметиком. Хороший пример "шовной" коррозии - отгнивание низа дверей на автопроме

Поверхность же самого шва обрабатывается полностью по аналогии с металлом кузова, в идеале это зачистка, обезжиривание, затем травящий грунт + сурик либо грунтовка + краска.

Добавлено через 4 минуты
Отогнать машину в НИИКоррозии (если контора ещё жива), где тебе без грязи и геморроя обработают все днище и скрытые полости.
Если хочешь сам, то на чистую поверхность наносится ОДИН слой самого лучшего антикора до которого доберешься по финансам. Причем слой должен быть не слишком толстым, иначе зимой при ударах начнет сходить пластами. Но самому не советую, т.к. по хорошему нужен подьемник, Мойка высокого давления, компрессор и мовильница ,т.к. на баллонах разоришься (они вообще то для "подмазывания" поврежденного антикора нужны), а кистью скрыыте полости не промажешь