Ну раз поменяв колеса вибрация стала меньше проявляться, тогда круг причин вибраций сужается, т.е. значит дело скорей всего либо в трансмисси, либо в подвеске.
И все-таки мне кажется, что дело в сцепе!
Почему? Тогда вот моя теория, поправьте если что не так:
При трении дисков сцепления обеспечивается плавность хода, т.е. без рывков и прочих трясок. Однако может быть такое, что прижимные диски прижимаясь не плавно трутся, т.е. местами происходит резкое зацеплелиние, а затем вновь плавное трение. Эффект можно сравнить с трением пальцем по чистому стеклу, или сравнить с тем как работает бездемпферная керамика, которая сразу цепляет. Следовательно возникает трение дисков перебежками и в процессе перебежки нагрузка с двигателя снимается и следовательно отсутсвие нормального буста,т.е. как на холостых. Представьте себе такой цикл (трение с перебежками) при наборе скорости происходит 200-300 раз, следовательно происходит вибрация!
Надеюсь все поняли физику такого цикла!??
Кстати, есть так же связь с заменой колес меньшего размера, т.е на маленкое колесо усилия надо приложить меньше и на диски сцепления нагрузки меньше, поэтому обеспечивается нормальное трение и плавный разгон.
Ну это мысли чисто логически!

Мой совет все-таки поменять сцепление, может оно какое-то деффектное, либо лепестки не держут ведомый диск и включение происходит наперекос?!
Добавлено через 5 минут
Друзья, есть еще версия, что сцепа нормальная, но откуда-то попадает масло. Кстати, если на край дисков капнуть маслица, то наверно эффект будут аналогичный как автора!