[Gambler]

EEPROM (англ. Electrically Erasable Programmable Read-Only Memory) — электрически стираемое перепрограммируемое ПЗУ (ЭСППЗУ), один из видов энергонезависимой памяти (таких как PROM и EPROM). Память такого типа может стираться и заполняться данными до миллиона раз.(wiki)

Из этого следует, что стирать конечно ее можно, но для этого нужно спец интерфейс. Не путайте с FLASH памятью. Для программирования EEPROM необходим программатор, а это очень не удобно. Через стандартную диагностическую колодку зашивать EEPROM нельзя (иначе внутри мозга пришлось бы собрать тот самый программатор). В итоге для его прошивки придется пройтись по нехитрому алгоритму:
1. Вынуть EEPROM из мозга (в первый раз возможно даже выпаять, потом можно колодку припаять)
2. Воткнуть в программатор
3. Стереть начисто старые данные (частями по понятным причинам он не перешивается)
4. Залить новую прошивку
5. Воткнуть в мозг и мозг в машину. Можно пробовать.

Для известной прошивки - еще можно применить, но настраивать на этом новый, индивидуальный конфиг - ИМХО невозможно.